Inferring patient-specific gene regulatory networks in Leiomyosarcomas and their association to clinical characteristics

Leiomyosarkom er en kreftsvulst som utvikles fra glatt muskulatur. Det er en relativt understudert kreftgruppe. For de fleste pasienter har behandlingsalternativene ikke nevneverdig forbedret de siste tiårene. Den viktigste behandlingsformen er operativ fjerning. Vi har som mål å analysere individuelle pasient genregulatoriske nettverk for å identifisere nye leiomyosarkom undergrupper av pasienter som kan ha nytte av spesifikk behandling. Vi vil analysere et tidligere publisert datasett (Chudasama et. al 2018), som inkluderer RNA-sekvensering data av prøver fra 49 pasienter. Leiomyosarkom pasient regulatoriske nettverk vil bli basert på utrykk av mRNA, protein-protein interaksjon nettverk og sekvens motif data og konstruert ved bruk av PANDA+LIONESS metoden (Kuijjer et.al 2019, Glass et.al 2013).

TSD

  • Nei
  • Begrunnelse: no sensitive data

Biobank

  • Nei

Godkjenninger

REK - Ja 1 fil

Disse dokumentene er kun synlige for prosjektleder, enhetens leder og forskningsadministrasjon.

Prosjektleder / prosjektansvarlig ved UiO

Marieke Kuijjer

Ansvarlig enhet

Norsk Senter for Molekylærmedisin

Forskere

Prosjekttype

  • Forskerprosjekt

Helsefaglig forskning

  • Ja

Personopplysninger

  • Nei

Tidsperiode

  • Start: mars 2020
  • Slutt: februar 2024