Hvordan påvirkes genomstørrelse og cellestørrelse av temperatur?

Størrelsen på genomet (den totale mengden DNA per celle) varierer enormt både hos planter og dyr, og kan vise stor variasjon selv hos nærstående arter. Det finnes ingen entydig forklaring på dette, men genomstørrelsen henger tett sammen med cellestørrelse, av og til kroppsstørrelse, og med vekstrate og metabolsime. Det er altså et fundamentalt karaktertrekk ved organismer, og mye tyder på at det kan påvirkes av temperatur og næringstilgang både som en fenotypisk og en genotypisk respons. Slike endringer kan også være en vei til rask artsdannelse.

Daphnia with eggs

 

 

Det kan tilbys tre masteroppgaver her, og det er tre typer modellorganismer som primært er aktuelle: Fisk (røye, stingsild eller sebrafisk), Daphnia og planktonalger (flere arter kan være aktuelle). Oppgavene vil gå ut på å la organismene vokse ved ulik temperatur og/eller ulik næringskonsentrasjon (Daphnia eller alger), og så måle cellestørrelse, genomstørrelse, vekstrate og evt sekvensering.  Oppgavene kan altså ha enten et økologisk, evolusjonært eller molekylært tyngdepunkt, men disse henger naturlig sammen.

 

Utgangspunktet for arbeidet er det NFR-finansierte prosjektet "Genome size, cell size and growth; searching for the causal links (GENOME)" som ble påbegynt våren 2010. Prosjektet tar utgangspunkt i en hypotese om at reduksjon i genomstørrelse er relatert til vekstrate og et behov for reallokering av fosfor fra DNA til RNA for å maksimere proteinsyntese og vekstrate hos organismer, men det vil også inkludere problemstillinger relatert til ploidinivå, og hvordan fosfor, temperatur, genomstørrelse og ploidinivå påvirker hverandre - og hvilke evolusjonære konsekvenser dette vil ha. For å belyse dette vil det prosjektet arbeide med ulike modellorganismer med ulike karakteristika som Daphnia (krepsdyr), fisk (ulike arter) og alger (flere arter). Arbeidet vil foregå i samarbeid både med et internasjonalt prosjektkonsortiet, samt forskere ved CEES og andre forskere ved Biologisk institutt og IMBV. Metodikken er innarbeidet, og oppgavene vil utføres i et team med opplæring i analysemetoder som flowcytometri.

Tags: genom, organisme, økologi, Evolusjon
Published Apr. 19, 2018 8:14 AM - Last modified July 16, 2018 12:56 PM

Supervisor(s)

Scope (credits)

60