Jan Skov Pedersen har en BSc-grad i fysikk og matematikk fra Københavns Universitet i 1983, en MSc-grad i fysikk i 1985, og en PhD i 1988 fra samme universitet.
Han jobbet fra 1988 til 2000 som seniorforsker ved Risø National Laboratory, og ble professor ved Aarhus Universitet i 2000 i fysikalsk kjemi. Hans forskningsområde inkluderer komplekse selv-assosierende systemer, makromolekylære komplekser, kolloider, polymerer samt biokjemi og nanovitenskap.
Skov Pedersen er en sann pioner innen bruk av spredningsmetoder basert på røntgenstråler og nøytroner, spesielt småvinkelspredning (SAXS/SANS) som lar oss studere molekylære prosesser og strukturdannelse på nanoskala i tidsskalaer ned til et millisekund. Dette gir oss et vindu til å forstå komplekse kjemiske reaksjoner og biomolekylære prosesser som er like viktig i for eksempel materialvitenskap for å forstå sykdommer som Parkinsons og Alzheimers.
Gjennom sitt arbeid over mer enn tre tiår har Skov Pedersen vært en av de største pådriverne internasjonalt i utviklingen av avanserte teoretiske modeller og datasimuleringsteknikker. Hans banebrytende arbeid utgjør et solid fundament som i dag brukes som standardmetoder i mange vitenskapelige miljøer for analyse av data fra laboratorierøntgenkilder samt på synkrotron- og nøytronsprednings-anlegg rundt omkring i verden.
Hans arbeid har så langt ført til mer enn 400 publikasjoner og over 19000 siteringer. Skov Pedersen mottok også Carlsbergs kjemipris i 2007 og Elastyrenprisen i 2011. Han ble tildelt en ridderpris i 2010 av Hennes Majestet Dronning Margrethe av Danmark.