Vi kommer i dette kurset til å bruke flere numeriske verktøy til å bygge intuisjon om fysikken i mangepartikkelsystemer og til å regne på konkrete systemer.
Du forventes å kunne skrive enkle script f.eks. i Python eller andre scripting-språk. Du kan finne mer informasjon om dette på sidene til INF1100.
Vi kommer til å bruke eksempler fra Open Source Physics prosjektet. Du kan laste ned alle eksemplene ved å gå til siden for Statistical and Thermal Physics (STP) på http://stp.clarku.edu/index.html
Vi kommer også til selv å kjøre Molecular Dynamics simuleringer. Til dette vil du trenge kode som er rask og som kan scriptes enkelt. Vi distribuerer en enkel kode for Lennard-Jones som er parallellisert samt noen script som du kan ta utgangspunkt i. Merk at det krever en god del jobb og innsikt å lage en kode som er raskere (eller like rask) som denne koden - dette er ikke noe du behøver begynne med om du ikke er spesielt interessert.
Dessuten kan du på egenhånd installere og bruke ferdige programpakker. Jeg anbefaler å bruke en av følgende
- LAMMPS
- NAMD
- Gromacs
Disse finner du ved et enkelt søk på nettet. Pakkene er i prinsippet enkle å installere og bruke, men det kan kreve litt arbeid å komme i gang.
For visualisering av atom-systemer anbefaler jeg VMD eller Ovito, som også er open-source og kan lastes ned og installeres på din egen maskin.
Dersom du kjører MD på din egen maskin bør du nok begrense deg til systemer med mindre enn 10.000 atomer om du bruker den parallelle koden. For større prosjekter f.eks. i Grand Challenge prosjektet vil vi gjøre kjøringer på store paralllell-maskiner.