Masterstudiet baseres på forskningsprojekter innenfor økologiske og evolusjonære problemstillinger med akvatiske organismer eller systemer som studieobjekt. Prosjektene blir veiledet av internasjonalt anerkjente forskere, som til sammen dekker et meget bredt fagfelt. Forskerne i marinbiologi og limnologi ved Universitetet i Oslo er blant landets mest produktive og mest siterte, og studentene kan se fram til aktive og spennende forskningsmiljøer
Forskningsprosjektene vil trekke på kunnskaper fra forskjellige støttefag. Oppgavene kan f. eks. omhandle studiet av næringskjeder i havet eller ferskvann, biologisk mangfold, predator-byttedyr forhold, tareskogøkologi, planteplankton, giftalger, dyreplankton, bunndyr, sjøpattedyr, fisk, forurensningseffekter, og limnologi. Mange oppgaver vil inkludere feltarbeid, men også eksperimentelle og teoretiske oppgaver er aktuelle. Temaene vil variere etter som forskningsfronten flyttes. Mastergradsoppgaven vil i størst mulig utstrekning bli formulert slik at studenten blir del av et aktivt forskningsprosjekt og et levende forskerfellesskap. Moderne forskning er i høy grad samarbeidprosjekter.
Biologisk instituttet har moderne forskningsfasilteter som vil kunne nyttes. Vi har to forskningsfartøyer med tidsmessig utstyr for hydroakustiske undersøkelser og biologisk/kjemisk/fysisk prøvetaking. I Drøbak finnes en modernisert feltstasjon.På Blindern har vi akvarieavdeling med salt- og ferskvann, kultur-rom for dyrking av alger og gjennomføring av eksperimenter med akvatiske organismer, samt moderne molekylær-genetisk laboratorium for taksonomiske og populasjonsgenetiske studier. Innenfor rekkevidde har vi innsjøer og elver av forskjellig karakter, med et mangfold av organismer. Forskerne ved Avdeling for marinbiologi og limnologi samarbeider aktivt med en rekke nasjonale og internasjonale forskergrupper.