INF-BIO9120 – Dypsekvenserings-teknologier og bioinformatisk analyse

Timeplan, pensum og eksamensdato

Velg semester

Kort om emnet

Emnet gir kunnskap om moderne sekvenserings-teknologier og deres bruksområder. Emnet formidler anvendelse av bioinformatiske metoder for analyse av resulterende sekvensdata. Temaer som undervises inkluderer kvantitet- og kvalitetskontroll av data, analyse av mikro-RNA og mRNA-sekvenser, eksom-sekvensering, SNP-identifikasjon, de novo sammenstilling av genomer, og bruk av rammeverkene Galaxy og The Genomic Hyperbrowser i analysene.

Hva lærer du?

Gjennom dette emnet oppnår du forståelse for hvordan du analyserer ulike typer genomiske data ved bruk av dypsekvenseringsteknologier:

  • Du behersker kvantitet- og kvalitetskontroll av sekvensdata.
  • Du kan analysere data fra eksom-sekvensering, mikro-RNA og mRNA-sekvenser.
  • Du kan påvise varianter (SNPs og indels).
  • Du har kjennskap til "de novo"-sammenstilling av genomer.
  • Du har kompetanse i bruk av rammeverkene Galaxy og The Genomic Hyperbrowser.
  • Du har kunnskap om aktuelle metoder.

Opptak og adgangsregulering

Ph.d.-kandidater ved UiO søker plass på undervisningen og melder seg til eksamen i Studentweb.

Hvis emnet har begrenset kapasitet, vil ph.d.-kandidater som har emnet i sin utdanningsplan ved UiO bli prioritert. Noen nasjonale forskerskoler kan ha egne regler for rangering av søkere til emner med begrenset kapasitet.

Ph.d.-kandidater som har opptak ved andre utdanningsinstitusjoner må innen angitt frist søke om hospitantplass.

Forkunnskaper

Anbefalte forkunnskaper

Det anbefales at studenter fra informatikk har INF4350 og at studenter fra biologi/molekylær biovitenskap har MBV3070.

Undervisning

Intensivundervisning over to uker midt i høstsemesteret.

Det kreves oppmøte på minst 2/3 av undervisningen.

Eksamen

Hjemmeeksamen.

Kandidatene skal ha et tilleggspensum i form av flere metodeartikler og utvidet hjemmeeksamen i form av en ekstra oppgave tilsvarende 20 % større eksamen i forhold til masterversjonen av emnet - INF-BIO5120.

Eksamensspråk

Du kan besvare eksamen på norsk, svensk, dansk eller engelsk. Søknad om engelsk oppgavetekst sender du til kontaktpunktet for emnet.

Eksamensoppgavene blir gitt på engelsk.

Karakterskala

Emnet bruker karakterskala bestått/ikke bestått. Les mer om karakterskalaen.

Begrunnelse og klage

Adgang til ny eller utsatt eksamen

Dette emnet tilbyr både utsatt og ny eksamen. Les mer:

Trekk fra eksamen

Det er mulig å ta eksamen i emnet inntil tre ganger. Dersom du trekker deg fra eksamen etter fristen eller under eksamen, bruker du et eksamensforsøk.

Tilrettelagt eksamen

Søknadskjema, krav og frist for tilrettelagt eksamen.

Fakta om emnet

Studiepoeng

5

Nivå

Ph.d.

Undervisning

Hver høst

Eksamen

Hver høst

Undervisningsspråk

Engelsk