INF-BIO5120 – Dypsekvenserings-teknologier og bioinformatisk analyse

Timeplan, pensum og eksamensdato

Velg semester

Kort om emnet

Emnet gir kunnskap om moderne sekvenserings-teknologier og deres bruksområder. Emnet formidler anvendelse av bioinformatiske metoder for analyse av resulterende sekvensdata. Temaer som undervises inkluderer kvantitet- og kvalitetskontroll av data, analyse av mikro-RNA og mRNA-sekvenser, eksom-sekvensering, SNP-identifikasjon, de novo sammenstilling av genomer, og bruk av rammeverkene Galaxy og The Genomic Hyperbrowser i analysene.

Hva lærer du?

Gjennom dette emnet oppnår du forståelse for hvordan du analyserer ulike typer genomiske data ved bruk av dypsekvenseringsteknologier:

  • Du behersker kvantitet- og kvalitetskontroll av sekvensdata.
  • Du kan analysere data fra eksom-sekvensering, mikro-RNA og mRNA-sekvenser.
  • Du kan påvise varianter (SNPs og indels)
  • Du har kjennskap til de novo-sammenstilling av genomer.
  • Du har kompetanse i bruk av rammeverkene Galaxy og The Genomic Hyperbrowser.

Opptak og adgangsregulering

Studenter må hvert semester søke og få plass på undervisningen og melde seg til eksamen i Studentweb.

Dersom du ikke allerede har studieplass ved UiO, kan du søke opptak til våre studieprogrammer, eller søke om å bli enkeltemnestudent.

Maksimalt 15 deltakere på INF-BIO5120 og INF-BIO9120 til sammen.

Rangeringsregler:
1) Ph.d.-studenter som har dette emnet som obligatorisk del av utdanningsplan
2) Masterstudenter ved MN-fakultetet som har dette emnet som godkjent i sin studieplan
3) Masterstudenter ved MN-fakultetet
4) Andre

Forkunnskaper

Anbefalte forkunnskaper

Det anbefales at studenter fra informatikk har INF4350 og at studenter fra biologi/molekylær biovitenskap har MBV3070.

Undervisning

Intensivundervisning over to uker midt i høstsemesteret.

Det kreves oppmøte på minst 2/3 av undervisningen.

Eksamen

Hjemmeeksamen.

Eksamensspråk

Du kan besvare eksamen på norsk, svensk, dansk eller engelsk. Søknad om engelsk oppgavetekst sender du til kontaktpunktet for emnet.

Eksamensoppgavene blir gitt på engelsk.

Karakterskala

Emnet bruker karakterskala bestått/ikke bestått. Les mer om karakterskalaen.

Begrunnelse og klage

Adgang til ny eller utsatt eksamen

Dette emnet tilbyr både utsatt og ny eksamen. Les mer:

Trekk fra eksamen

Det er mulig å ta eksamen i emnet inntil tre ganger. Dersom du trekker deg fra eksamen etter fristen eller under eksamen, bruker du et eksamensforsøk.

Tilrettelagt eksamen

Søknadskjema, krav og frist for tilrettelagt eksamen.

Fakta om emnet

Studiepoeng

5

Nivå

Master

Undervisning

Hver høst

Eksamen

Hver høst

Undervisningsspråk

Engelsk