INF5340 – Algoritmer i bioinformatikk
Beskrivelse av emnet
Kort om emnet
Kurset dekker mange av algoritmene som ligger til grunn for en rekke praktiske dataverktøy som brukes til sekvensanalyse og annen analyse innen bioinformatikk. Både klassiske og moderne metoder vil bli studert i detalj, inkludert forskjellige algoritmer for parvis sammenstilling og flersekvenssammenstilling (f.eks. ClustalW), konstruksjon av fylogenetiske trær, raske algoritmer for sekvensdatabasesøk (f.eks. BLAST og SSAHA), og konstruksjon av og søking med sekvensprofiler og skjulte Markovmodeller (f.eks. PSI-BLAST og HMMer). Utvalgte andre emner kan også bli inkludert (f.eks. protein- og RNA- strukturprediksjon, litteraturanalyse, genfinning).
Hva lærer du?
Emnet passer for master- og doktorgradsstudenter og vil gi et godt grunnlag for å forstå hvordan mange av de viktigste algoritmene innen bioinformatikk fungerer og hvorfor de er i stand til å løse de problemene som de er designet for. Forståelsen vil være en ypperlig bakgrunn for dem som ønsker å utnytte eksisterende verktøy best mulig eller for dem som vil utvikle egne bioinformatikkverktøy. I øvingene vil man blant annet reimplementere sentrale deler av noen av algoritmene.
Opptak og adgangsregulering
Studenter må hvert semester søke og få plass på undervisningen og melde seg til eksamen i Studentweb.
Dersom du ikke allerede har studieplass ved UiO, kan du søke opptak til våre studieprogrammer, eller søke om å bli enkeltemnestudent.
Forkunnskaper
Anbefalte forkunnskaper
INF1020 – Algoritmer og datastrukturer (nedlagt), INF2300 – Grunnkurs i bioinformatikk (nedlagt)/INF3350 – Grunnkurs i bioinformatikk (nedlagt)/INF4350 – Grunnkurs i bioinformatikk (videreført)/INF5330 – Bioinformatikk (nedlagt)/INF325 og INF3330 – Problemløsning med høynivå-språk (nedlagt)/ INF4330 – Problemløsning med høynivå-språk (nedlagt).
Undervisning
2 timer forelesning og 2 timer gruppeøving hver uke. To obligatoriske oppgaver må være bestått for å kunne gå opp til eksamen.
Eksamen
Muntlig eksamen.
Karakterskala
Emnet bruker karakterskala fra A til F, der A er beste karakter og F er stryk. Les mer om karakterskalaen.
Adgang til ny eller utsatt eksamen
Dette emnet tilbyr ikke ny eksamen i begynnelsen av påfølgende semester til kandidater som stryker eller trekker seg under ordinær eksamen. For generelle opplysninger om ny og utsatt eksamen, se /studier/admin/eksamen/sykdom-utsatt/mn/index.html
Annet
Det er obligatorisk oppmøte på første forelesning.
Tilsynssensor for emnet er: Lars Snipen