INF4350 – Grunnkurs i bioinformatikk
Beskrivelse av emnet
Timeplan, pensum og eksamensdato
Kort om emnet
Emnet gir en innføring i sentrale begreper og metoder innen bioinformatikk. Det vil være lagt vekt på gjennomgang av effektive algoritmer og teknikker som benyttes i aktuelle programmer for analyse av genetiske sekvenser. Temaer som behandles vil være: sammenligning og sammenstilling av to eller flere sekvenser, indeksering av og søking i sekvensdatabaser, mønsteroppdaging, søking med sekvensmønstre, genprediksjon, samt mapping og "assembly" av data fra genomsekvensering. Elementær kunnskap i molekylærbiologi vil bli formidlet underveis.
Hva lærer du?
Etter å ha tatt INF4350:
- forstår du grunnleggende begreper i bioinformatikk
- har du oversikt over noen av de viktigste metodene og verktøyene som benyttes
- forstår du hvordan noen av de grunnleggende metodene for analyse av biologiske sekvenser fungerer
- forstår du behovet for at metodene er nøyaktige og effektive
- kan du implementere noen av algoritmene
- kan du utføre enkle sekvensanalyser ved å anvende eksisterende verktøy
Opptak og adgangsregulering
Studenter må hvert semester søke og få plass på undervisningen og melde seg til eksamen i Studentweb.
Dersom du ikke allerede har studieplass ved UiO, kan du søke opptak til våre studieprogrammer, eller søke om å bli enkeltemnestudent.
Forkunnskaper
Anbefalte forkunnskaper
Emnet bygger på INF1000 – Grunnkurs i objektorientert programmering (videreført)
Overlappende emner
- 9 studiepoeng overlapp mot INF325
- 10 studiepoeng overlapp mot INF2300 – Grunnkurs i bioinformatikk (nedlagt)
- 10 studiepoeng overlapp mot INF3350 – Grunnkurs i bioinformatikk (nedlagt)
- 10 studiepoeng overlapp mot INF5330 – Bioinformatikk (nedlagt)
Undervisning
2 timer forelesning og 2 timer gruppeøvelser per uke.
Eksamen
Karakter vil bli gitt på grunnlag av 2 deleksamener som teller 15% hver, og en avsluttende 4 timers skriftlig digital eksamen som teller 70%. Strykkarakter på en deleksamen gir likevel mulighet til å gå opp til de resterende eksamenene. Alle eksamener må gjennomføres i samme semester.
Hjelpemidler
Ingen hjelpemidler er tillatt.
Karakterskala
Emnet bruker karakterskala fra A til F, der A er beste karakter og F er stryk. Les mer om karakterskalaen.
Begrunnelse og klage
Adgang til ny eller utsatt eksamen
Studenter som dokumenterer gyldig fravær fra ordinær eksamen, kan ta utsatt eksamen i starten av neste semester.
Det tilbys ikke ny eksamen til studenter som har trukket seg under ordinær eksamen, eller som ikke har bestått.
Trekk fra eksamen
Det er mulig å ta eksamen i emnet inntil tre ganger. Dersom du trekker deg fra eksamen etter fristen eller under eksamen, bruker du et eksamensforsøk.
Som eksamensforsøk i dette emnet teller også forsøk i følgende tilsvarende emner: INF325.
Annet
Det er sterkt anbefalt å møte på første forelesning fordi det vil bli gitt viktig informasjon.