Dette emnet er nedlagt

INF5340 – Algoritmer i bioinformatikk

Timeplan, pensum og eksamensdato

Velg semester

Kort om emnet

Kurset dekker mange av algoritmene som ligger til grunn for en rekke praktiske dataverktøy som brukes til sekvensanalyse og annen analyse innen bioinformatikk. Både klassiske og moderne metoder vil bli studert i detalj, inkludert forskjellige algoritmer for parvis sammenstilling og flersekvenssammenstilling (f.eks. ClustalW), konstruksjon av fylogenetiske trær, raske algoritmer for sekvensdatabasesøk (f.eks. BLAST og SSAHA), og konstruksjon av og søking med sekvensprofiler og skjulte Markovmodeller (f.eks. PSI-BLAST og HMMer). Utvalgte andre emner kan også bli inkludert (f.eks. protein- og RNA- strukturprediksjon, litteraturanalyse, genfinning).

Hva lærer du?

Emnet passer for master- og doktorgradsstudenter og vil gi et godt grunnlag for å forstå hvordan mange av de viktigste algoritmene innen bioinformatikk fungerer og hvorfor de er i stand til å løse de problemene som de er designet for. Forståelsen vil være en ypperlig bakgrunn for dem som ønsker å utnytte eksisterende verktøy best mulig eller for dem som vil utvikle egne bioinformatikkverktøy. I øvingene vil man blant annet reimplementere sentrale deler av noen av algoritmene.

Opptak og adgangsregulering

Studenter må hvert semester søke og få plass på undervisningen og melde seg til eksamen i Studentweb.

Dersom du ikke allerede har studieplass ved UiO, kan du søke opptak til våre studieprogrammer, eller søke om å bli enkeltemnestudent.

Undervisning

2 timer forelesning og 2 timer gruppeøving hver uke. To obligatoriske oppgaver må være bestått for å kunne gå opp til eksamen.

Eksamen

Muntlig eksamen.

Karakterskala

Emnet bruker karakterskala fra A til F, der A er beste karakter og F er stryk. Les mer om karakterskalaen.

Adgang til ny eller utsatt eksamen

Dette emnet tilbyr ikke ny eksamen i begynnelsen av påfølgende semester til kandidater som stryker eller trekker seg under ordinær eksamen. For generelle opplysninger om ny og utsatt eksamen, se /studier/admin/eksamen/sykdom-utsatt/mn/index.html

Annet

Det er obligatorisk oppmøte på første forelesning.

Tilsynssensor for emnet er: Lars Snipen

Fakta om emnet

Studiepoeng

10

Nivå

Master

Undervisning

Hver vår

Eksamen

Hver vår

Undervisningsspråk

Norsk (engelsk på forespørsel)