BIOS9213 – Fylogeni og klassifikasjon
Beskrivelse av emnet
Kort om emnet
Emnet gir en oversikt over forskningsmetodikk innen moderne systematikk med vekt på fylogenetisk analyse basert på molekylære data. Ulike tilnærminger til fylogenetisk analyse vil bli gjennomgått: distansemetoder, parsimoni, nettverksalgoritmer, maximum likelihood og bayesiansk analyse. Koblingen mellom fylogeni og klassifikasjon samt en kort innføring i nomenklatoriske prinsipper vil likeledes inngå.
Hva lærer du?
Etter å ha fullført emnet har du følgende kompetanse:
- Bakgrunnskunnskap om fylogenetisk teori
- Kjennskap til ulike tilnærminger til fylogenetisk analyse: distansemetoder, parsimoni, nettverksalgoritmer, maximum likelihood og bayesiansk analyse
- Kjennskap til analyseverktøy for analysering av ulike typer data
- Kan planlegge og gjennomføre en fylogenetisk analyse på egen hånd
- Kan tolke resultatene fra en fylogenetisk analyse i en større sammenheng
- Forstå de basale prinsippene for vitenskapelig navngiving av arter: nomenklatur
- Erfaring med å presentere vitenskapelig stoff til masterstudenter
Opptak til emnet
Ph.d.-kandidater ved UiO søker plass på undervisningen og melder seg til eksamen i Studentweb.
Hvis emnet har begrenset kapasitet, vil ph.d.-kandidater som har emnet i sin utdanningsplan ved UiO bli prioritert. Noen nasjonale forskerskoler kan ha egne regler for rangering av søkere til emner med begrenset kapasitet.
Ph.d.-kandidater som har opptak ved andre utdanningsinstitusjoner må innen angitt frist søke om hospitantplass.
Emnene BIO5213 og BIO9213 har felles opptak. Det er kapasitet til totalt 28 studenter. Søkere rangeres etter følgende kriterier:
Ph.d. kandidater og masterprogramstudenter ved MN-fakultetet som har emnet i sin godkjente studieplan
Andre ph.d.-kandidater og hospitanter
Enkeltemne- og utvekslings-studenter
Søkere rangeres etter studiepoeng i hver gruppe; alle søkere innenfor 1. rangeres før søkere i 2. osv. For studenter som stiller likt ved plassbegrensing innenfor hver enkelt gruppe blir opptak avgjort ved loddtrekning
Overlappende emner
- 10 studiepoeng overlapp med BIOS5213 – Fylogeni og klassifikasjon.
- 10 studiepoeng overlapp med BIO4210 – Fylogeni og klassifikasjon (videreført).
- 10 studiepoeng overlapp med BIO9210.
Undervisning
Undervisningen foregår over ti uker fra begynnelsen av semesteret og vil bli organisert som forelesninger og dataøvelser. Studentene skal levere en skriftlig oppgave basert på dataøvelsene, samt holde en presentasjon om et relevant tema for medstudenter.
Det er obligatorisk oppmøte til første forelesning. Dette gjelder også for de som er på venteliste. Du mister plassen på emnet dersom forfall til første forelesning ikke er meldt til studieseksjonen studieinfo@ibv.uio.no, før forelesningen starter.
Eksamen
Avsluttende skriftlig eksamen teller 70% på den endelige karakteren.
Skriftlig innlevering basert på dataøvelsene teller 30% på den endelige karakteren.
PhD-studenter skal holde en 30 minutter forelesning om et tema som er relevant for kurset. Tema bestemmes i samråd med emneansvarlig. Godkjent forelesning er forutsetning for å kunne gå opp til eksamen.
Som eksamensforsøk i dette emnet teller også forsøk i følgende tilsvarende emner: BIO9210, BIO4210 – Fylogeni og klassifikasjon (videreført) og BIOS5213 – Fylogeni og klassifikasjon.
Hjelpemidler til eksamen
Ingen hjelpemidler tillatt.
Eksamensspråk
Eksamensoppgaven blir gitt på engelsk, og du kan besvare eksamenen på norsk, svensk, dansk eller engelsk.
Karakterskala
Emnet bruker karakterskala bestått/ikke bestått. Les mer om karakterskalaen.
Adgang til ny eller utsatt eksamen
Dette emnet tilbyr både utsatt og ny eksamen. Les mer:
Mer om eksamen ved UiO
- Kildebruk og referanser
- Tilrettelegging på eksamen
- Trekk fra eksamen
- Syk på eksamen / utsatt eksamen
- Begrunnelse og klage
- Ta eksamen på nytt
- Fusk/forsøk på fusk
Andre veiledninger og ressurser finner du på fellessiden om eksamen ved UiO.