IN4030 – Introduksjon til bioinformatikk

Kort om emnet

Dette emnet gir en innføring i sentrale begreper og metoder innen bioinformatikk. Det legges vekt på gjennomgang av effektive algoritmer, datastrukturer og teknikker som benyttes i aktuelle programmer for analyse av DNA-, RNA- og proteinsekvenser. Nødvendig elementær kunnskap i molekylærbiologi vil bli formidlet underveis. Temaer som omfattes inkluderer sammenligning og sammenstilling av to eller flere sekvenser, indeksering av og søking i sekvensdatabaser, mønsteroppdaging, søking med sekvensmønstre og profiler, genprediksjon, klustring og fylogenetikk, samt mapping og sammensetning av data fra genomsekvensering.

Hva lærer du?

Etter å ha tatt IN4030:

• forstår du grunnleggende begreper i bioinformatikk
• har du oversikt over noen av de viktigste metodene og verktøyene som benyttes
• forstår du hvordan noen av de grunnleggende metodene for analyse av biologiske sekvenser fungerer
• forstår du behovet for at metodene er nøyaktige og effektive
• kan du implementere noen av algoritmene
• kan du utføre enkle sekvensanalyser ved å anvende eksisterende verktøy

Opptak til emnet

Studenter må hvert semester søke og få plass på undervisningen og melde seg til eksamen i Studentweb.

Dersom du ikke allerede har studieplass ved UiO, kan du søke opptak til våre studieprogrammer.

Anbefalte forkunnskaper

IN1000 – Introduksjon til objektorientert programmering/INF1000 – Grunnkurs i objektorientert programmering (videreført)/IN1900 – Introduksjon i programmering for naturvitenskapelige anvendelser/INF1100 – Grunnkurs i programmering for naturvitenskapelige anvendelser (videreført)

Overlappende emner

• 10 studiepoeng overlapp med INF4350 – Grunnkurs i bioinformatikk (videreført).
• 7 studiepoeng overlapp med INF5330 – Bioinformatikk (nedlagt).
• 7 studiepoeng overlapp med INF5340 – Algoritmer i bioinformatikk (nedlagt).
• 7 studiepoeng overlapp med INF2300 – Grunnkurs i bioinformatikk (nedlagt).
• 7 studiepoeng overlapp med INF3350 – Grunnkurs i bioinformatikk (nedlagt).
• 7 studiepoeng overlapp med IN325.
• 6 studiepoeng overlapp med BIOS3010 – Bioinformatikk.

Undervisning

2 timer forelesninger og 2 timer gruppeøvelser per uke.

Eksamen

Karakter vil bli gitt på grunnlag av 2 deleksamener som teller 15% hver, og en avsluttende 4 timers skriftlig digital eksamen som teller 70%.

For å kunne gå opp til endelig eksamen, må det leveres besvarelser på begge de to første deleksamenene, men det kreves ikke at de bestås.

Alle eksamener må gjennomføres i samme semester.

 

Som eksamensforsøk i dette emnet teller også forsøk i følgende tilsvarende emner: INF4350 - Introductory Course in Bioinformatics, INF5330 - Bioinformatikk (discontinued), INF5340 - Algorithms in bioinformatics (discontinued), INF2300 - Grunnkurs i bioinformatikk (discontinued), INF3350 - Grunnkurs i bioinformatikk (discontinued). Listen er ikke uttømmende.

Karakterskala

Emnet bruker karakterskala fra A til F, der A er beste karakter og F er stryk. Les mer om karakterskalaen.

Mer om eksamen ved UiO

• Kildebruk og referanser
• Tilrettelegging på eksamen
• Trekk fra eksamen
• Syk på eksamen / utsatt eksamen
• Begrunnelse og klage
• Ta eksamen på nytt
• Fusk/forsøk på fusk

Andre veiledninger og ressurser finner du på fellessiden om eksamen ved UiO.